Действительно, терминальный сервер InTouch требует предустановленных терминальных служб в режиме Application Server, по умолчанию они устанавливаются в режиме Remote Administration.
Например у меня стоит Win2003 Enterprise - при установке InTouch TS 9.5 система выдает сообщение "Terminal Service enabled in Application Server mode is required to install Wonderware InTouch (TS)" - то есть имеет место та же проблема (при установке Windows ни очем таком речи не было)).
Что можно сделать? Попробовать переустановить терминальные службы.
Для этого зайдите в "установка\удаление программ" и выберите "установка компонентов Windows".
Отметьте галочкой Application Server и Terminal Services и продолжите установку. Обратите внимание что если галочка с компонента будет снята это означает его удаление.
В процессе установке в диалоговом окне выберите Application Server Mode
Также рекомендую прочитать подробное руководство по установке терминальных служб для Win2000Server здесь
http://it.lif-t.kg/index.php?option=com ... Itemid=240
Для настройки параметров установленных терминальных служб выполните команду tscc.msc